17世紀初め。
女海賊アンヌ・デ・アルワイダ（天海祐希）が天下の大泥棒石川五右衛門（古田新太）の協力を得てコルドニア王国の混乱を収め、国王となってから１０数年が過ぎようとしていた。

南の島、デルソル島。
科学者ケッペル・レンテス（粟根まこと）がとある研究に勤しんでいると、島を欧州の兵が襲撃。島民を奴隷として捕まえていく。が、そこに現れた五右衛門のおかげで兵士達を撃退する。
彼らがコルドニア王国の兵士だと気づく五右衛門。平和主義だったアンヌがなぜ？　訝しんだ五右衛門は彼女の真意を確かめるため、ケッペルと共にコルドニアに向かう。

その頃、コルドニアには新たな危機が訪れようとしていた。

周辺諸国の征圧を狙うソルバニアノッソ王国の女王マリア・グランデ（高田聖子）が、隣国ボスコーニュ公国を併合しようとしていた。
その調印式に招待されたアンヌは、才覚を見込んで供にしているイクシタニア王国の王女ロザリオ・イクシタニア（石田二コル）とともに、ソルバニアノッソの宮殿に赴く。
調印式の祝賀会には、ボスコーニュ公国の国王シャルル一世の弟、ラウル・ド・ボスコーニュ（神尾楓珠）がいた。シャルル一世が海難事故で生死不明の今、彼がボスコーニュの代表だった。将軍の寝返りにあい、国民を守るためには不利な条件の併合を受け入れるしかなかったのだ。
その席で、自分に従うようアンヌを脅すマリア。彼女の狙いはイクシタニアとコルドニアだ。だがアンヌは、コルドニアとその友人たちの自由が脅かされれば立ち向かうと宣言する。

アンヌと行き違いにコルドニアに着いた五右衛門は、そこでボルマン・ロードス宰相（生瀬勝久）と出会う。今でこそ一国の宰相となっているボルマンだったが、かつては五右衛門と同業だった。たぐいまれなる料理の腕で貴族に取り入り油断させ、その家の宝を根こそぎ奪う。“舌の魔術師”と呼ばれる泥棒だったのだ。ボルマンの野望に気づく五右衛門だったが、彼の策にはまり、身動きを封じられてしまう。

外にマリア、内にボルマン。二つの脅威に挟まれるアンヌと五右衛門。
親友エリザベッタ（森奈みはる）とその息子ベルナルド（西垣匠）やマリアの息子マクシミリアン・ド・ラブズブール（早乙女友貴）も巻き込み、事態は風雲急を告げる。
そしてコルドニアに魔の手が迫る中、アンヌにも予想外の事態が！
果たしてアンヌは己の誇りにかけて、国と民を護れるか――!?